园艺花卉产业一直被视作朝阳产业和新的经济增长点。我国素有“园林之母”的美称，是一个园艺花卉资源大国。虽然多年来，我国园艺花卉产业稳步发展，但仍与国内外市场需求相去甚远。以出口牡丹为例，我国出口额仍不及日本的三分之一，价格也比日本低得多。随着全球园林花卉产业竞争日趋激烈，我国园林花卉产业既面临严峻的挑战，又拥有难得的机遇。但要进一步健康发展该产业，目前还有一些不容忽视的问题。
病虫害发生普遍，疫情防控风险较高。不少花卉园艺产品是多年生木本苗木，容易携带有害生物。以牡丹为例：其种苗发生和携带的有害生物达35种（其中病害18种，虫害17种）。虽经检验检疫部门多年努力，有害生物的控制总体有效，但仍有一些有害生物在生长期间或者种苗加工过程中难以有效去除。这些主要有害生物防控技术难题如不能攻克将直接影响我国花卉园艺产品的国际竞争力。
科技力量薄弱，国际竞争力不足。园艺花卉的种植长期被以为是一个靠天吃饭的行业，和其他作物种植没有区别。但要实现利益最大化，绝不是一块肥沃的土地、简陋的温室和一群有经验的花农就可以实现的。这是一种科技含量很高的产业。与发达国家相比，我国生产方式落后，市场竞争力差，出口专用优质品种短缺。这导致我国很多出口产品，株型不整，品种繁杂，包装粗糙，美感较差。以菏泽牡丹为例，在欧洲市场，日本牡丹种苗深受欢迎，价格价格较高，而菏泽出口的牡丹种苗被视为低等产品，售价及销量均在日本之后。
行业协会不健全，市场竞争混乱。我国园艺花卉产品出口生产企业多为小型企业，数量多、实力弱，加之缺少全国性的行业协会有效协调，不少企业为争夺客户，竞相压价，甚至不惜牺牲产品质量来降低成本。这对我国花卉园艺产品在国内外市场产生了很大的负面影响。菏泽检验检疫局抽取辖区内8家相关企业统计，原来一株牡丹种苗可以卖到3至4美元（批量价），现在仅卖到1至2美元（批量价）。
技术壁垒加剧，生产成本提高。在国际上，越来越多的国家对植物及其繁殖材料输入提出了更严格的要求，特别是附加声明要求。多数国家相继要求从种苗不允许带有有害生物提高到种苗在生长期期间不得有有害生物发生；更有一些国家只要发现有害生物不论是否为检疫性、是否有活性一律实施销毁或退货处理。在国内原料价格上涨、劳动力成本大幅提高，人民币不断升值等多重因素导致生产经营成本大幅上涨，园艺花卉产品利润已经非常低。
针对以上难题，检验检疫部门建议相关部门采取以下措施：
加大对园艺花卉产品病虫害等科研课题的立项，进一步提升病虫害实验室的检测能力，打造国际权威性检测实验室，掌握产品质量的话语权。
围绕国际市场需求，在高产优质专用新品种选育上重点突破，促进品种更新换代并做好与之相配套的推广工作。
推广标准化管理，完善出口园艺花卉种植基地的GAP和GMP，建立科学的疫病疫情的监测与防治体系，使其从种植、收获、加工直至出口的全过程得到有效控制。
