君子兰在养护过程中易发生根腐病，开始时只是个别根系变褐软腐，地上植株无症状；然后肉质根腐烂，植株在阳光强烈、蒸发旺盛时顶部叶片萎蔫；后期根部腐烂程度加剧，叶片变小、颜色由绿变黄，新叶生出慢而少；最后根部全部腐烂，叶片自下而上逐渐干枯，全株枯死。
造成君子兰根腐病的病菌多为真菌。该病菌在苗栽或土壤中的病残体上越冬，在土壤中能存活多年，通过栽培操作、雨水传播，多从根系损伤等伤口侵入。土壤带菌、土质通透性差、水肥施用不当、地下虫害严重等都是发病的原因。
防治方法：
君子兰根腐病可以通过消毒盆土及种苗预防，盆土用65%代森锌500倍液或50%退菌特1000倍液浇透，种苗栽植前用50%甲基托布津800倍液浸根系10分钟，晾干后栽培。
初发病时可进行化学防治：用80%的402乳油1500倍液或70%敌克松1200倍液灌根，每7至10天1次，连灌2～3次，防治效果可达95%以上；灌根时，待盆土稍干时进行，更有利于药效充分发挥。
对肉质根已腐烂但地上部分尚未枯死的病株，可采取以下急救措施：先将病株取出，洗净根系上的泥土，用利刀把腐烂部分彻底削除，然后将茎基部浸入0.1%高锰酸钾溶液中30分钟，取出后在伤口处涂抹木炭灰以防腐防感染，之后置于通风处稍晾干，栽前再用B12（医用针剂）原液浸蘸一下；栽培土用2:5:1的细河沙、园土、砻糠灰充分混合，再用沸水浇透消毒，冷凉后使用，这种盆土透气性、保温性、保湿性均好，有利于病株栽后再生新根；植株栽入时，要用手把入土部分按紧，使茎基与盆土紧密接触；栽后温度保持20～25℃，盆土保持稍润湿即可，不干透不必浇水，一般30～40天即可生出新根。
