洋桔梗主要病害有茎枯病、根腐病、灰斑病等。
茎枯病系真菌侵染，主要危害植株茎部，发病时，洋桔梗茎部皮层组织腐烂。高温高湿环境容易导致该病发生。发病初期喷施1%的波尔多液，严重时可用50%甲基托布津可湿性粉剂500倍液和50%百草清可湿性粉剂500～800倍液交替使用，每3～5天喷洒一次。另外注意加强通风透光;降低植株种植密度;合理施氮肥，适当增加磷钾肥，提高植株抗病能力。
根腐病也是一种真菌病害，主要侵染根部及根茎部，发病时根茎部形成黑色坏死斑，严重时植株枯死。该真菌传播主要靠土壤、肥料、浇水等。防治方法：施用腐熟的肥料;浇水适当，避免积水;发病初期可用50%的多菌灵可湿性粉剂600倍液，每隔10天左右喷施一次，连续2～3次。
灰斑病初期症状是叶面上形成无明显边缘的椭圆形至矩圆形灰色至浅褐色病斑，后期变为褐色。病斑多限于平行叶脉之间，大小4～20×2～5(mm)。湿度大时，病斑背面生出灰色霉状物，即病菌分生孢子梗和分生孢子。强田间管理，雨后及时排水，防止湿气滞留。发病初期喷洒75%百菌清可湿性粉剂500倍液或50%多菌灵可湿性粉剂600倍液、40%克瘟散乳油800～900倍液、50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液、25%苯菌灵乳油800倍液、20%三唑酮乳油1000倍液。
